S-a născut în Paris în 1967, într-o familie de iranieni, şi s-a mutat în Maryland împreună cu familia când tatăl său, de profesie medic, şi-a început rezidenţiatul la Johns Hopkins Medical Center.

Omidyar şi-a descoperit pasiunea pentru calculatoare în perioada liceului, când a devenit interesat de computere şi a început să lipsească de la orele de educaţie fizică pentru a se dedica pasiunii sale. În loc să îl pedepsească pentru absenţele sale, directorul liceului l-a angajat să scrie un program de computer care să printeze fişe pentru biblioteca şcolii; câştiga 6 dolari pe oră.

După liceu, Omidyar s-a înscris la Universitatea Tufts, pe care a absolvit-o în 1988 specializându-se în informatică. Şi-a început cariera la Claris, o subsidiară a Apple Computer, care dezvolta software pentru Macintosh. În 1991, a fondat împreună cu trei prieteni Ink Development Corp., o firmă ce includea şi un segment de shopping şi a fost ulterior redenumită eShop Inc.

Omidyar a lucrat ca inginer software pentru eShop până la sfârşitul lui 1994, când, săturându-se de start-up-uri, a început să lucreze ca inginer pe relaţii de dezvoltare pentru producătorul de software General Magic.

La 28 de ani, a început să scrie cod de computer pentru o firmă care permitea listarea de obiecte de colecţie care să poată fi licitate în mod direct. A creat un prototip pe pagina sa personală, iar apoi a lansat un serviciu online numit Auction Web, care a devenit ulterior eBay.

Primul obiect vândut pe site a fost un indicator cu laser stricat. Omidyar a fost fascinat că cineva ar putea să plătească pentru un dispozitiv stricat, dar cumpărătorul l-a asigurat că este conştient de acest lucru şi că are o colecţie de astfel de obiecte. Surprizele au continuat să apară, iar businessul a explodat pe măsură ce utilizatorii au început să înregistreze obiecte de o varietate inimaginabilă.

Site-ul era monetizat printr-un comision cuprins între 1,25 şi 5% de la vânzător, iar cu profitul obţinut astfel, Omidyar a finanţat extinderea. Veniturile lui au ajuns treptat să depăşească salariul pe care îl avea la General Magic, astfel că, la nouă luni de la începerea acestei activităţi, a decis să îşi dedice toată atenţia noii sale afaceri. În prima lună din 1997, site-ul său găzduia deja două milioane de licitaţii, iar până la mijlocul anului intermedia 800.000 de licitaţii în fiecare zi.

Ca urmare a dezvoltării, în acelaşi an a schimbat numele companiei în eBay şi a început să o promoveze. Numele atât de cunoscut astăzi a fost rezultatul unei inspiraţii de moment a antreprenorului. În 1996, în afacere i s-a alăturat Jeffrey Skoll, inginerul canadian care a devenit primul angajat al eBay. În martie 1998, Meg Whitman a fost numită preşedinte şi CEO şi a condus firma vreme de zece ani. În septembrie 1998, eBay a fost listată la bursă, făcându-i atât pe Omidyar, cât şi pe Skoll miliardari.

În 2008, cele 170 de milioane de acţiuni ale lui Omidyar valorau 4,45 miliarde de dolari. De la fondarea companiei în 1995 până la sfârşitul lui 1999, pe eBay au fost vândute mărfuri în valoare de două miliarde de dolari. Câteva dintre cele mai ciudate (şi nu neapărat legale) produse includ un Volkswagen Beetle din 1999, o navetă spaţială rusească şi un rinichi uman. În primăvara acestui an, baza de date a clienţilor eBay a fost spartă de către armata siriană, ei înlocuind primele pagini ale site-urilor cu propriul lor logo.

Preţul acţiunilor a scăzut drastic ca urmare a atacului.

Omidyar este de asemenea investitor în staţiunea de lux Montgage Resort and Spa din Laguna Beach, California, iar în 2010 a lansat un site de ştiri de investigaţii, Honolulu Civil Beat, numit cel mai bun site de ştiri din Hawaii timp de trei ani consecutiv. Anul trecut, Honolulu Civil Beat a început un parteneriat cu publicaţia americană Huffington Post lansând cel mai recent site regional al publicaţiei, HuffPost Hawaii. Anul trecut, Omidyar a anunţat lansarea First Look Media, o organizaţie media care a lansat în 2014 publicaţia The Intercept.