După aceea, l-a urmat pe Putin la Kremlin, unde a devenit protectorul, omul de bază şi confidentul acestuia. După ce Putin a obţinut mandatul de patru ani ca prim-ministru, în 2008, Sechin a devenit vice-premier, şi, din această funcţie, a început să controleze activele de petrol şi gaze ale Rusiei, iar odată cu instalarea lui Putin în funcţia de preşedinte în 2012, acesta a preluat controlul direct asupra Rosneft, ca director executiv. Astăzi, el deţine 0,127% din acţiunile companiei, în valoare de aproximativ 83 milioane de dolari, şi în 2015 a fost plătit cu aproximativ 11 milioane de dolari.

Sechin este bănuit că ar fi orchestrat căderea mai multor adversari politici. În 2003, Mihail Hodorkovski, pe atunci proprietarul privat al celei mai mari companii petroliere din Rusia, Yukos, a fost acuzat de evaziune fiscală, iar compania a fost confiscată de stat. Sechin a negat implicarea, dar, cu toate acestea, a fost cel mai mare beneficiar - în 2004 a devenit preşedinte al companiei Rosneft, care a moştenit majoritatea activelor companiei Yukos.

Apoi, în 2014, Vladimir Yevtushenkov, proprietarul privat al companiei regionale petroliere Bashneft, a fost cercetat şi arestat, iar compania a fost expropriată de stat. Doi ani mai târziu, într-un proces de privatizare controversat provocat de Ulyukaev, Rosneft a cumpărat Bashneft.

Ulyukaev a fost arestat o lună mai târziu. Apoi, Rosneft l-a adus pe Yevtushenkov la tribunal, acuzându-l că ar fi demis de la conducerea Bashneft înainte de a fi naţionalizată. Un judecător regional a decis în favoarea lui Rosneft, conducând la o soluţionare extrajudiciară în care magnatul i-a dat companiei lui Sechin 1,7 miliarde de dolari pentru un bun pe care fusese deja obligat să îl predea gratuit.

Potrivit Financial Times, Sechin a declarat că nu a existat nimic personal în legătură cu lupta sa juridică cu Yevtushenkov şi cu preluarea companiei Bashneft, care i-a cedat companiei Rosneft 40% din producţia de petrol a Rusiei. „Nu pot să-mi apăr acţionarii. Am făcut-o într-o manieră corectă. M-am dus la tribunal." a spus Sechin. Rosneft susţine că toate activele au fost achiziţionate la preţul pieţei.

Anul trecut, în decembrie, unul dintre adversarii politici al lui Sechin, Alexei Ulyukaev, a fost dus în faţa Curţii de la Moscova, pentru că ar fi acceptat o mită de două milioane de dolari pentru a se implica în afacerea Bashneft. El spune că totul i-a fost înscenat. Cazul a fost tratat doar pe baza cuvântului lui Sechin, dovadă a influenţei pe care o are acesta, ca al doilea cel mai puternic om din Rusia, după Stalin. De altfel, în societatea rusească, oamenii ca el sunt percepuţi deasupra legii, şi se crede că ar răspunde pentru acţiunile lor doar la Kremlin.

Astăzi, Rosneft reprezintă 6% din producţia mondială de ţiţei. Sechin a fost descris de fostul ambasador american la Moscova ca fiind „cardinalul gri" al Kremlinului, care  „a căutat să distrugă puterea oligarhilor, să le confişte şi să le contopească activele în cadrul companiilor de stat, şi să limiteze influenţa occidental."