Autoritatea Feroviară Română a fost înfiinţată în 1998, având patru organisme independente organizatoric, respectiv Autoritatea de Siguranţă Feroviară Română, Organismul de Investigare Feroviar Român, Organismul Notificat Feroviar Român şi Organismul de Licenţe Feroviare Român.

Comisia Europeană a solicitat însă României să asigure independenţa organismului de investigare faţă de autoritatea naţională de siguranţă.

Astfel, Autoritatea Feroviară Română nu va mai include OIFR, organismul de anchetă urmând să fie înfiinţat separat, ca instituţie publică în subordinea Ministerului Transporturilor, iar autoritatea naţională de siguranţă va continua să funcţioneze, ca organism independent, în cadrul AFER.

Noua Agenţie de Investigare Feroviară Română va investiga accidentele feroviare grave şi incidentele produse în circulaţia trenurilor.

Agenţia va fi condusă de către un consiliu format din cinci persoane. Preşedintele consiliului va fi şi directorul general al agenţiei.

"Personalul şi conducerea executivă a Oganismului de Investigare Feroviar Român care îşi desfăşoară activitatea în cadrul Autorităţii Feroviare Române - AFER, după reorganizare, este preluat prin transfer la AGIFER şi îşi menţine drepturile şi obligaţiile ce decurg din contractele individuale de muncă în vigoare la data reorganizării", se menţionează în documentul citat.

Agenţia de Investigare Feroviară Română va fi finanţată din venituri proprii, obţinute pe bază de tarif unic privind activităţile de investigare a accidentelor şi incidentelor feroviare, a cărui structură şi nivel tarifar, pe tip de activitate, se stabilesc de către Consiliul de Conducere şi se aprobă prin ordin al ministrului Transporturilor, prin contracte încheiate cu administratorul infrastructurii feroviare, gestionarii de infrastructură feroviară neinteroperabilă, operatorii de transport feroviar şi operatorul economic care efectuează operaţiuni de transport cu metroul, dar şi cu operatorii economici care deţin, în proprietate sau sub altă formă, şi exploatează linii ferate industriale racordate la infrastructura feroviară publică şi/sau la infrastructura feroviară privată deschisă circulaţiei publice.