În 1938 Winton lucra ca broker la Londra, şi a aflat despre crimele naziste de la un prieten, în timpul unei vacanţe în Elveţia. Şi-a anulat concediul şi a venit la Praga, unde a văzut taberele de refugiaţi. A pus la punct un program de salvarea copiilor din Cehoslovacia, iar la el au venit părinţi care s-au sacrificat şi s-au declarat de acord să nu-i mai vadă niciodată, doar pentru a-i salva. Winton a mituit oficialii nazişti, care au intrat la bănuieli, pentru a câştiga timp. Întors în Marea Britanie, Nicholas Winton a adunat câţiva voluntari, printre care şi mama sa, şi a creat un comitet care s-a ocupat de găsirea unor familii adoptive şi bani pentru cei salvaţi.

La 14 martie 1939, a plecat primul tren din cele opt trenuri care au transportat copiii din Cehoslovacia, prietenul său s-a ocupat de asta. Dar numai 7 trenuri au ajuns la Londra, adică 669 de copii; un tren cu 250 de copii a fost surprins de atacul lui Hitler asupra Poloniei, iar soarta lor este necunoscută, probabil au murit în lagărele de concentrare. Părinţii copiilor salvaţi au murit, până la sfârşitul războiului, în lagărele din Auschwitz şi Bergen Belsen.

După război mulţi dintre cei salvaţi au rămas în Marea Britanie, iar alţii au emigrat în Israel. Astăzi au 70 - 80 de ani, iar printre ei se află regizorul Karel Reisz (filmele "Isadora" şi "Iubita locotenentului francez") un laureat al premiului Nobel pentru fizică - Walter Kohn, astronomul Arno Penzias, şi el laureat al premiului Nobel, dar şi fondatorul forţelor aeriene israeliene, Hugo Marom.

Soţia lui Winton a trimis scrisori supravieţuitorilor, după ce a găsit documentele, şi a luat legătura cu 80 dintre aceştia; în timpul unei emisiuni la BBC 20 dintre ei şi-au spus povestea. În 1994 Winton a primit o scrisoare de mulţumire din partea statului Israel, în 1998 a fost decorat de cehi iar în 2002 regina Elisabeta a II-a l-a făcut cavaler.