În 1993 războiul civil a izbucnit în Burundi. Timp de 12 ani s-a dus un război între două grupări etnice din Burundi, Hutu şi Tutsi. În jur de 300.000 de oameni au murit în acest conflict.

Marguerite Barankitse, o femeie Tutsi, a încercat să ascundă 72 de copii Hutu, însă a fost descoperită, copiii executaţi, iar Barankitse obligată să privească execuţia.Cu toate acestea, Barankitse nu s-a dat bătută şi de-a lungul celor 12 ani de conflict a reuşit să salveze aproape  30.000 de copii de la moarte.

Populatia Burundi este împarţită în cele doua etnii: hutu( 85%) majoritari ca şi în Rwanda cu triburi wahutu şi bahutu, agricultori sedentari de pe malul lacului tectonic Tanganyika şi tutsi (15%) minoritari ca şi în Rwanda cu triburi watutsi si batutsi, păstori nomazi veniti din nord, mai înalti şi mai războinici. Cele două etnii au avut mai multe conflicte de-a lungul anilor din cauza unor dispute tribale.

În 2008 a deschis un spital unde au fost trataţi peste 80.000 de pacienţi până în prezent.

Pe 24 aprilie 2016 Marguerite Barankitse a primit premiul Aurora Prize for Awakening Humanity în valoare de 1 milion de dolari. Ea va primi un grant de 100.000 de dolari pentru a continua acţiunile caritabile şi 1 milion de dolari pe care ii va dona organizaţiilor caritabile la alegere.

Ceremonia a avut loc în Yerevan, Armenia cu ocazia comemorării Genocidului Armean, unde aproape 2 milioane de armeni şi-au pierdut viaţa.

“Valorile noastre sunt valori umane. Cand ai compasiune, demnitate si iubire, atunci nimic nu te poate speria, nimic nu te poate opri. Nimeni nu poate opri dragostea. Nici armatele, nici ura, nici persecuţia, nici foametea, nimic. ", a spus ea când a primit premiul.